手元の試験環境でテストしてみようかな─としたら、サーバ管理者に「やめてくれ」と怒られましたorz
まあそりゃそうか（苦笑）
という訳で、確認はできなかったのですが、気になる情報がありましたのでコメントを。
さて、MOSS からの通知メールは、「Alerttemplates.xml 」というファイルで書式が定義されている訳ですが、
参考：定義済みの通知テンプレート
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/bb802738.aspx＞Alerttemplates.xml は、
ローカル ドライブ\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\
＞Web Server Extensions\12\Template\XML directory にあります。
このファイルを覗いてみたところ、一行目にこんな記述が・・・
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
…UTF に固定されてますね！（汗）
おそらく、MOSS 自身は、サーバの送信メール設定に従って JIS でメールを送信しているの
ですが、このテンプレートのせいで、強制的にUTF-8 に戻されて、結果、
文字化けが発生しているのだと思います（あくまで推測）
一応、「ワークフローで送信されるメールは文字化けしない」という現象とも辻褄があいますね。
このファイルを書き換えてやれば、きちんとJISで動いてくれそうな気はしますが…。
申し訳ない、私の環境ではそこまでテストができません。
（MSも推奨していません）
このテンプレートをコピーして、書き換えて、
stsadm -o updatealerttemplates で
読み込んでやれば、設定を変更できるらしいのですが。
参考になりそうなエントリはこちら：
通知テンプレートの形式
http://msdn.microsoft.com/ja-jp/library/bb802961.aspxお役に立てれば幸いです。
saruhiko
