公式の回答は、マイクロソフト社のパートナーコールセンターなどに聞いてください。
マイクロソフト社の場合、プロダクトキーは、ソフトウェアの種類（Windows Server 2003 Standardとか、Windows Vista Enterpriseとか）と、販売経路（ボリュームライセンス版か、パッケージ版か、MSDN版かなど）によって決まっています。したがって、Windows Server 2003 Standardのインストールには、Windows Server 2003 Standardのライセンスキーが必要です。
ただ、ライセンスを遵守することと、技術的にライセンスキーをどのように入れるかは、関連はしますが、別の問題です。
ライセンス上は、Windows Server 2008 R2 Standard Editionを購入すれば、ダウングレードによりWindows Server 2003 Standard Editionをインストールする権利が付与されます。
実際にインストールに使用する媒体と、入力するライセンスキーは、既存のWindows Server 2003 Standardのものを流用して構わないはずです。
