すぐにソースが出てこないのですが、パスワード付ZIPがセキュアであるという誤解が多く、またローカルのファイル保護についてはEFSやBitLockerのようなテクノロジが存在するため、廃止されたというような話だったと記憶しています。
マイクロソフトの推奨としては、ローカルのファイル保護にはEFSやBitlockerを、ネットワーク経由のファイル共有での保護にはよりセキュアな手段(Sharpointでの共有など)を利用すべきという事なのでしょう。
もちろん安全性と限界を理解したうえで利用する分にはパスワード付ZIPは便利なので、サードパーティ製品を使わないと作成できなくなったのは残念ではありますが。
hebikuzure