情報が少なすぎですよ。
JavaScript はブラウザ依存なのですから、使っているブラウザが何かぐらいは書きましょう。
> URLがlocalhostだとjavascriptの挙動が違う
今提供されている情報だけで思いつくのは、IE の場合、localhost と普通のホスト名で動作が違うということのよくある原因として、localhost では互換表示になってしまうことです。
ツール(T) ⇒ 互換表示設定(B) クリックで表示される「互換表示設定」ダイアログで［互換表示でイントラネットサイトを表示する(I)］にチェックマークが入っていると（デフォルトで入っているはず）、localhost の場合は互換表示になります。
これがハズレだとすると、他に思いつくことはありませんし、今提供されている情報だけでは、少なくとも自分はお役に立てません。
掲示板の反対側にいて、掲示板に書いてあること以外は知りえない回答者に、どういう情報を提供すれば質問者さんの状況が的確に把握でき、的を得た回答がもらえるか、よく考えて情報を提供していただければと思います。
また、今回の話は IIS の問題ではなくて、ブラウザの問題ですので、IE のフォーラムなど適切なフォーラムを選んでスレッドを立ててください。
