すみません。自分で作っておいて忘れていた条件がありました。
問題のプロセスは Powershell (スクリプト)ですが、表に見せないために .exe を作って CreateProcess で実行していいました。
サインイン時自動実行でなくても同じ .exe を用いて起動すると再現し、SW_SHOW に変えても同様でした。
CreateProcess なんて20年以上使っているのに、こんな問題が生じたのは初めてですが、元々作法を間違っていたかもしれませんので、もう少し調べてみます。
何れにせよタイトルが合わないので、自己完結で一旦クローズします。
お騒がせしました。