＞２もクライアント証明書についてはたぶん証明書の中に秘密鍵があるんですよね？？一般の証明書についてはわかりませんが。
通常使用される証明書はPKCS#7形式ですので、証明書の中に存在するのは公開キーです。
秘密キーはプロファイルの中に存在しています。
＞３自動証明書要求のグループポリシーに証明書を追加すると、証明書テンプレートのセキュリティで自動登録の権限があって、証明機関のセキュリティで証明書の要求の権限があれば、ドメイン内のユーザやコンピュータにグループポリシーを通して自動的に証明書を配布できるということでよいでしょうか？
はその通りです。
＞４データ回復エージェントにAdministratorが登録されているのですが、Administratorは既定で他のユーザの暗号化解除をできる鍵をもっているということでしょうか？
EFSを使用する際にDRAを使う設定（規定）にしてあれば、その通りです。
＞５証明書失効リストってあると思うのですが、これってWebサーバの証明書以外にもあるのでしょうか？またWebサーバ証明書失効リストってクライアントのブラウザからはどのように利用するのでしょうか？
全ての証明書に存在します。CRL配布ポイント(CDP)より各クライアントはダウンロードして確認します。
＞６証明機関のセキュリティの証明書の発行と管理のやCAの管理の権限って何ができるのでしょうか？
証明機関を管理できますとしか答えようがありません。
いろいろとご質問されていますが、一旦ご自分で調べてみてはいかがでしょうか？その方が理解度が増すと思われます。特にチャブーンさんがご紹介されている本は良書ですよ。私も持っています。証明書関連はやはり難しいのでこのような書籍をご一読された方がよろしいかと思われます。
以上、参考になれば幸いです。
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