送信先への2通目のメールが届かない現象が発生しています。
送信先のメールサーバ担当から確認したところ、こちらのメールサーバが発行しているMessage-IDが2通目も同じなためスパムメールと判断し、受け取れなかった(削除した)とのことです。
SMTPのログや実際に送信したメールのヘッダーを確認したところ、たしかにMessage-IDが重複していました。
送信先のメールサーバ設定は変更できないとのことで、こちらのメールサーバで重複しないよう設定変更をする必要があると思うのですが、
exchangeコンソール内のどこを設定変更すればよいか不明です。