SharePoint Online の場合は、サイトコレクションの監査設定はあまり意味がないと思います。オンプレミスと異なり、設定できる項目が制約されているうえ、セキュリティ&コンプライアンスセンターからOffice 365 全体としてアクティビティがログとして取得できるようになっています。アイテム単位の監査がまだ不十分ですが。。。
Shinohara さんが書かれているように、バージョン設定に関しては容量の問題ですね。とはいえ、SharePoint Online は既定でメジャーバージョンが 500 という上限値になっていると思いますが、既定値は変えられません(参考: https://support.microsoft.com/en-us/help/3050531/changes-to-the-default-versioning-setting-for-sharepoint-online-document-libraries)。
新規にライブラリを作ると必ずバージョン管理は有効になり、500メジャーバージョン保持します。バックアップの一種なので、安易にオフにはしたくありません。運用方針としては、サイトコレクションのクォータを適切に設定したうえで必要に応じてバージョン履歴数を変更するという運用です。設計というほど設計はできないのではないでしょうか。バージョン管理の設定はユーザー側で都度、決めてもらうというのがベターだと思います。私はバージョン管理機能の使い方をきちんとレクチャーしたうえで、ビジネス要件ごと(サイトごとなど)でルールは決め欲しいとお願いしていますね。きちんと使うサイトはメジャーパーション5つ、マイナーパーション10などあまり大きくない数値で運用してもらうことが多いです。バージョンが多すぎても、どれが戻したいバージョンかわからなくなるので。
余談ですがオンプレの場合、SharePoint 2013 では既定ではバージョン管理されない設定だったのですが、SharePoint 2016 は SharePoint Onlineがベースなのでやはり 500 が既定値です。とはいえ、ディスク容量はオンプレの方が厳密に管理すると思いますので、ライブラリを作成したら、こういう設定にしましょうという指針はあった方がよいと思いますが。徹底できるかはなかなか難しいと思います。
