今のところ無い感じですね。
米国のフォーラムでも質問入ってますが、答えがありません。
http://forums.iis.net/p/1142374/1887882.aspx
IIS Manager の構造自身は内部的にクラサバ構造になっていて、IIS Managerの UI の拡張は要求側クライアントプログラムが Microsoft.Web.Management と administration.config で動作し、設定自身はサーバープログラムが Microsoft.Web.Administration を使って設定をするのが標準構造です。ただ、レジストリに書かれている設定だけはこの綺麗な構造から除外されている可能性が高く、IIS Managerのコードからレジストリに書いている可能性が高く、故に appcmd など多く用意されているそれぞれの方法で該当箇所がなく、GUIで設定ということになっているんだと思います。開発チームの意図としては、ある意味セキュリティ設定ですから慎重な設計にしたんでしょう。
Server Core だった場合、リモート管理を有効にした上で他のマシンから設定するしかないですね。
社内でも問合せをあげたので開発チームも状況は理解したと思います。引き続き 私の方はこの件の行方を追うことにしますね。
(追記） IIS開発チーム、本当に熱心なんですよね。ある意味 答えがきました。
できないそうです。予想通り、セキュリティ設定なので互換性も加味し、.configに移行できなかった設定のようです。認識はしていて、将来バージョン（R2もダメ）対応を検討中とのことです。
ただ、あるマシンで設定してその設定をコピーする（.regファイルにするなど）ことで複数台に配布することはできるという話なので、それで今回は答えとさせてください。
リストの内容が異なる単位で作らないといけないですけど、今はこれが解です。
マイクロソフト株式会社 IT Pro エバンジェリスト 奥主 洋
