cinacinaさん
親プライマリサイト、子プライマリサイトではそれぞれDBを持っており、
それぞれの管理下におけるクライアント情報や構成情報が格納されています。
cinacinaさんの構成では親プライマリサイトのソフトウェア更新ポイントから子プライマリサイト(子のSUP経由で)のクライアントに更新プログラムを配布していますか？
この場合は、サイト境界だけを子サイトに構成しなおしても、ご希望の状態は実現されません。
親サイトAのサーバーがダウンした場合に、まず子プライマリサイトで親プライマリサイトを切り離す必要があります。
子プライマリサイトに親サイトのサイト境界情報を入れれば、子サイトで親サイトのサイト境界は管理下になります。
ただし、すでにクライアントには親または子のサイトコードが割り当てられており、クライアントに割り当てられたサイトコードをすべて変更しなくてはなりません。
子プライマリサイトでもクライアントを検出するために、サイトで探索を再度行ったり、必要に応じてコレクションを作成したりなど切り替えは「それ！」と簡単に出来るわけではありません（必要な場合は、子プライマリサイトのSUPをアクティブなSUPに変更)。
親サイト、子サイトとも現状で1台ずつで、必要なSCCM役割が実行されているのであれば、同じサイト内で役割に応じた冗長化をするのが確実な方法ではないでしょうか。
サイトデータベースサーバーをフェールオーバークラスタされたSQL Serverに移動したり、管理ポイント、ソフトウェア更新ポイントをNLB構成にする、配布ポイントを複数に分散するなど、です(冗長化が出来ないSMS Providerもあるので注意してください)
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/ee344146.aspx
SundaySilence - Configuration Manager MVP
