naka009さん
SCEP 2012をインストールした場合(一般的なアンチウィルスソフトでもそうですが)、Windows Defenderは無効になります。
技術的にSCEPクライアントと、Windows Defenderを同時稼働させたい場合は、
グループポリシーの[Windows Defenderをオフにする]を無効にすれば、Windows Defenderは有効になります。
但し、上記の同時稼働している構成は、スキャン動作による過度な負荷(CPU, Memory, Disk I/O)をかける可能性があるため、お勧めはしません。
SundaySilence Enterprise Client Management MVP (formerly System Center Configuration Manager)