記載頂いたグループポリシーですと、説明文にも有る通りアクションセンターで後から通知を確認出来なくなるだけで、通知自体はユーザーに表示されてしまう動作となります。
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝説明分抜粋＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
この設定を有効にした場合、通知とアクションセンターが通知領域に表示されなくなります。ユーザーは通知が表示されたときにそれを読むことができますが、見落とした通知を後で確認することはできません。
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推測ですが、通知やポップアップは何かしらの OneDrive のプロセスにより発生しているのではないでしょうか？
通知領域の OneDrive のアイコンを右クリック → 設定を見たところ、「Windows にサインインしたときに OneDrive を自動的に開始する」の設定項目が有りましたので、スタートアップで毎回 OneDrive のプロセスが起動しているものと思われます。
私の環境では
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run\OneDrive
が有りましたので、
これを削除し、起動時にOneDriveのプロセスが起動していない（通知領域にOneDriveアイコンが無い）事を確認しました。
上記レジストリをグループポリシーで削除する方法はいかがでしょうか？
なお、通知やポップアップが発生するか？ については確認が難しい為、ご自身の環境でテストして頂ければと思います。
