こんにちは。
レスポンスにお時間いただいて申し訳ございません。
個別の製品の挙動はわからないのですが、システムドライブとデータドライブは同一の論理ディスク（おそらくRAID等でグルーピングされていらっしゃると思われます。）上にあり、システムドライブとデータドライブがパーティション区切りなのでしょうか？
それとも別々のディスクとして見えているのでしょうか？
差し支えなければ画面キャプチャでBitLockerの設定画面と「ディスクの管理」の画面を見せていただくことは可能でしょうか。
その後、BitLockerのFAQを確認して解決することができました。
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/hh831507.aspx
購入したNASサーバはドライブがRAID5構成、つまりダイナミックディスクで構成されていたためBitLockerのサポート外の設定となっていたようです。
システムドライブについてもミラー構成となっていたため上記と同じくサポート外でした。しかし、システムドライブはサポート外でもBitLockerの設定画面に表示されるため状況を理解するまでに時間がかかりました。
サポート外ということが分かったため、RAID5構成を解除。それらの記憶域をWindows Server 2012の機能で記憶域プールを作成。これをBitLockerにて暗号化することで解決することができました。
