Harsabさん
SharePointDesignerのワークフローで実現できるかと思います。
【事前準備】
■ライブラリA
参照列の設定にて、ライブラリBのIDの参照する様、設定する。
→列設定画面にて「以下のフィールドを表示する列を追加」にて「ID」を選択
■ライブラリB
被リンク用のフラグ等を列として用意しておく。（ここでは「被リンクフラグ」としておきます。）
【実装内容】
■ワークフロー作成場所 ：ライブラリA
■ワークフロー ：SharePoint2010ワークフロー
■ワークフロー開始条件 ：アイテムが変更されたときにワークフローを自動的に開始する
■ロジック
1.「条件」＞「ある値と値が等しいかどうか」
→現在のアイテムの「参照列：ID」が空の場合
：1-1へ
→それ以外 ：2へ
1-1.「アクション」>「ワークフローを停止する」
2.「アクション」>「リスト アイテムを更新する」
→現在のアイテムの「参照列：ID」とライブラリBのIDが等しいアイテムに対して、「被リンクフラグ」を更新する
【備考】
ライブラリAにて、ライブラリB内の同じドキュメントを参照するアイテムが同時に作られた場合、2のロジックにて競合エラーが起こる可能性がありますが、上記内容を参考にしていただければと思います。
