状況をお伺いする限り、SCCMの不具合や設定による事象ではなく、WindowsUpdateAgent (以下WUA)
の不具合が疑わしいのではないでしょうか。
ご存知かもしれませんが、SCCMのソフトウェア更新はWUAとWSUSの仕組みを利用しており、SCCM上のステータスはWUAがSCCMのソフトウェア更新ポイント(WSUS)にレポートした情報を基にしています。
■必要なしのステータス
本当に [必要なし]
なのか確認するのであれば、MBSAを使ってスキャンしてみるのはどうでしょうか。
https://technet.microsoft.com/ja-jp/security/cc184924
とは言え、WUA
に問題がある可能性も有るので、確実性を求めるならば以下のページにあるファイル情報からファイルのバージョンを確認するのが良いかと思います。
記載のバージョン以降であれば、適用する必要なしと評価されます。
https://support.microsoft.com/ja-jp/kb/3197868
■代替適用方法
仰る通りスタンドアロンインストーラーで9月~11月分のパッチを適用するのは1つの手ですね。
それでも失敗する場合は、以下のWUA
の修復を試してみてはいかがでしょうか。
サーバーとの事なので、気軽にできる作業では無いとは思いますが・・・・
https://support.microsoft.com/ja-jp/kb/971058