チャブーンです。
この件ですが、おそらくスマートカードリーダーの「ドライバー」が正常に動作していない、からではないでしょうか。ドライバーが正常に動作しているかどうかは、一例としてしたのページを参考に確認するといいでしょう。(メーカーが違っても確認方法は同じです)。ドライバーが正しくインストールされていない場合は、メーカーから最新のドライバーをダウンロードして、再インストールを行ってください。
http://www.ntt.com/jpki/data/faq6.html
ちなみにスマートカードの動作に必要なサービスは「Smart Card」サービスのみであり、それ以外のサービスは(カード利用時における)特定動作をサポートするものであり、動作の必要自体ありません。Windowsでは「動作の必要がない」サービスは手動で開始しても、OS判断で自動終了します。(本来必要である)「Smart Card」サービスも一緒にそうなってしまっている、ということは、前提となるドライバーが正常動作せず、認識されていない可能性があります。
なお、e-taxでの正しいスマートカード導入方法の資料がありますので、こちらを参考にされることもお奨めします。
http://www.e-tax.nta.go.jp/toiawase/qa/yokuaru09/21.htm
最後に、本コミュニティはITPro向けの情報交換を行っており、一般向けPCの話題は取り扱っていません。以下の一般向けPCのコミュニティにご相談いただくことを、あわせてご検討ください。
http://answers.microsoft.com/ja-jp/
