ほとんど役に立たない情報かもしれませんが、以下の点だけ一言コメントを・・・
> 既にMVC3はサポートされてないのかもしれないという気になってきました。
Visual Studio 2010 Pro. で作成し Vista Pro. 32-bit の IIS 7 で動かしていた ASP.NET MVC 3 のプロジェクトを、Windows 10 Pro. 64-bit の PC にプロジェクトのフォルダごとコピーして付属の IIS 10 のアプリケーションに設定しましたが、少なくとも今までのところ一切問題なく動いています。
Windows Server 2016 付属の IIS 10 と Windows 10 付属の IIS 10 では細かいところに違いはあっても、動く・動かないというところでの基本は同じでしょうから、MVC3 がサポートされていないということはなさそうな気がします。