Exchange Onlineに特にIMAPに関するサーバ側の設定項目はございません。（オンプレミス側の製品でもアイドルタイムアウトの設定はありますが、KeepAliveしている状況であれば影響を与える設定はございません。）
Exchange Onlineは、更新プログラムの展開や負荷の均等化などの目的で比較的頻繁にクラスター(DAG)の計画的フェールオーバーやメールボックスの移動が実施されています。不定期に発生するコネクションの切断が、複数ユーザーまとめて行われるのではなくユーザーごとにランダムということであれば、こちらに合致している可能性はあるかと思います。
また、特定時間に複数ユーザーがということであれば、ネットワーク接続上の問題（回線やFirewall、DNS回りなど）を疑った方が良いかもしれません。
なお、こちらはオンプレミス製品のフォーラムになりますので、Exchange Online関連の質問に関しましては以下の方が適しているかと思われます。
https://answers.microsoft.com/ja-jp/msoffice/forum/msoffice_o365admin-mso_exchon
