パスワードポリシーってドメインで１つしか持てなかったと思うのですが、
これはOUでなく、ドメインにリンクされているGPOで設定した場合のみ有効なのでしょうか？
またアカウントロックアウトのポリシーは複数持てるのでしょうか？
Windows Server 2003 ADの仕様ではアカウントポリシーはドメイン単位にしかリンクできません。
>OUでなく、ドメインにリンクされているGPOで設定した場合のみ有効なのでしょうか？
はい、そのとおりです。
>アカウントロックアウトのポリシーは複数持てるのでしょうか？
アカウントロックアウトのポリシーもアカウントポリシーの一つです。複数作成することはできても適用されるのは一つでドメイン単位です。
Windows Server 2008 ADではきめ細かいパスワードポリシー（PSO）を作成できるようになり、ユーザーやグループ単位に適用できるようになりました。こちらにも参考になる投稿があります。
Windows Server 2008 ADのMSページ
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc770842(WS.10).aspx
