IISにはWeb Siteという概念があります。これはApacheでいうところのVirtual Hostです。
Apacheはプロセス全体でどのポートをListenするかを設定しますが、IISはWeb SiteごとにListenするポートを指定します。その上でApacheと異なるのはWeb Siteごとに起動・停止できる点です。
つまり
- Web Site A : Listen 80
- Web Site B : Listen 8080
としておき、w3svcのサービスは起動したまま、Web Site A / Bを起動/停止するのが正しい姿です。