WSUSにてサーバークリーンアップを定期的にした方がいいと言う記事を見たのですが、
パワーシェルなどを使って自動で実行できたりしないでしょうか？
以下のコマンドレットをタスクスケジューラーで定期的に実行する等が考えられます。
ただ、クリーンアップの内容を考えると頻繁に実行しても効果は有りませんので、更新プログラムのリリース (置き換え等が発生する) に合わせて、最短でも月1回程度で良いかと思います。
Invoke-WsusServerCleanup
https://technet.microsoft.com/ja-jp/library/hh826162.aspx
