R3を適用しても自動的にクライアントがアップグレードはされませんが、
クライアントモジュールをMSからダウンロードは行います。
R3の電源管理機能を利用するのにクライアント用の修正プログラムが必要です。
http://support.microsoft.com/kb/977384
具体的にはKB977384を適用したクライアント用のパッケージが作成されるので、適用した方が無難です。
#この時点でSCCMのサイトはR3にアップグレードされています。
R3をサイトに適用中はクライアントへの配布などは行わないことなど、基本的にSCCMの機能は一時的に利用できないと考えて下さい。
SundaySilence - Configuration Manager MVP