適用したいセキュリティパッチのリストはどのようにリストアップしたものでしょうか？ ざっと見たところ、
(A) 2018 年 3 月～ 9 月に提供された Adobe Flash Player 用セキュリティ更新プログラム
(B) 2018 年 3 月～ 9 月に Windows 10 version 1507 向けの累積更新プログラム
がリストアップされているように見えます。
Windows 10 version 1507 (ビルド 10240.x）と Windows 10 version 1607 （ビルド 14393.x）は Windows の別バージョンです。そのため、(B) は不要です。"1507のアップデート内容が包括的に適用されたものが1607です"ではありません。Windows 7 用の更新プログラムが Windows 8 には不要であるのと同じ理屈です。
次に、(A) は OS に標準搭載されている Adobe Flash Player のアップデートですので、最新のものをインストールすればそれで OK です。（B）については累積更新プログラムは新しいものに前月までの累積更新プログラムの内容が累積されていますので、Windows 10 version 1607（2016 LTSB と共通バージョンです）の累積更新プログラムのできるだけ新しいものインストールされば、それ以前のものは不要です。できるだけ新しいものといっても、毎月第二火曜日の翌日にリリースされるものにしてください。それ以外のタイミングで提供される累積更新プログラムは次の月の第二火曜日の翌日にリリースされるもののプレビュー版（テスト版）という意味合いで提供されるもので、十分にテストされていません。また、（B）は前提となるサービススタックの更新（Latest
SSU）があるので、そちらを最初にインストールする必要があります。
Windows 10 Enterprise LTSB 2016の場合、2018 年 11 月の時点の状態にまで更新するには、次の順番でインストール（要求されれば再起動）すればよいと思います。
(1) Servicing stack update for Windows Server 2016 and Windows 10, version 1607: November 13, 2018 ･･･ (2) の前提要件
https://support.microsoft.com/en-us/help/4465659/
Microsoft Update Catalog サイトから「2018-11 x64 ベース システム用 Windows 10 Version 1607 更新プログラム (KB4465659) 」をダウンロードしてインストールします。
(2) November 13, 2018－KB4467691 (OS Build 14393.2608)
https://support.microsoft.com/en-us/help/4467691/
Microsoft Update Catalog サイトから「2018-11 x64 ベース システム用 Windows 10 Version 1607 の累積更新プログラム (KB4467691) 」をダウンロードしてインストールします。※「･･･差分更新プログラム (KB4467691) 」は使用しないでください。
(3) Security update for Adobe Flash Player: November 20, 2018
https://support.microsoft.com/en-us/help/4477029/
Microsoft Update Catalog サイトから「2018-11 x64 ベース システム用 Windows 10 Version 1607 セキュリティ更新プログラム (Adobe Flash Player 対応) (KB4477029) 」をダウンロードしてインストールします。
（1）（2) が失敗する場合は、10 月の累積更新プログラム（https://support.microsoft.com/en-us/help/4462928/）にさかのぼって試してみてください（必要な SSU は URL の先の文書に書いてます）。ただし、現在の
ビルド14393.1715 は 2018 年 9 月時点のビルドなので、それ以前にさかのぼる必要はありませんし、できません（2017 年 8 月～ 2018 年 9 月までの更新内容はすべて含まれています）。
KB4103729 が成功したのは、たまたま 1507 向けではなく、1607 向けのものをダウンロードしたからでしょう。
