回答ありがとうございます。
「アクティブ」機能を利用し作成したもの(発行機能を利用したページなど)を「非アクティブ」にすると完全に削除されてしまうもがあるのですね。
「発行インフラストラクチャ」と「発行機能」が「アクティブ」のサイトの中で、どうしてもテンプレートを作成したい場合、「発行インフラストラクチャ」を「非アクティブ」にした後、新規サブサイトを作成することで、新規で作成したサブサイトはテンプレート化でき、さらに利用も可能なので、最悪その方法で利用も考えておりました。
ですが「非アクティブ」にすることで削除になるものがあるとわかり、どの部分に影響が出るか把握が難しいと思いましたので、途中で切り替えないようにする方法で検討したいと思います。
とても参考になりました。ありがとうございました。