チャブーンです。
ADCSですが、同じ認証機関を高可用化したいというなら、証明書データ(秘密鍵含む)や発行データベースを共有ディスクに配置して、WSFC(クラスター)を組むことになります。
追記:証明書データは(いっぺん配置したら通常変わらないので)同じ証明書を両ノードにインストールすることで対応していますね。
ご指摘の資料にはそのことが書いてあるので、それを基にDR展開を検討してください(共有ディスクの災対対応が問題になるとは思います。)
あと認識違いと思われますが、うえの方法はWindows Server 2012 R2でももちろん使えます。ギャラリーの資料に「不適」と書いてあるから非推奨と読まれたのだと思いますが、資料の内容に関して、対象OSでは「検証未実施」なので保証しない、程度の意味合いです。英語版のWebページをみれば、ご理解いただけると思います。
とはいえ注意点はあり、Windows Server 2012 R2では「ドメインコントローラーのWSFCのノード化」はサポートされていません(構成しようとすると失敗します)。ですからメンバーサーバーで実施する必要があります。
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