私も試してみましたが、仰る通りになりました。
手元のWin7だとサイズ変わりましたが、Win10は駄目でした。
ログオンした新規ユーザーのHKCU配下の値も48になってました。
> Runoneceも考えたのですが、ログインした時点での大きさを小としたい為、見送りました。
これって、ログイン時に Runonceでレジストリを書き換えても、即時に変わっていないからという事ですかね。
もしそうであれば、レジストリを書き換えた後に以下コマンド等でExplorerをリロードすれば変更されると思います。
Stop-Process -Name Explorer