これは正式な回答が必要ならば、サーバーベンダーに問い合わせるのが確実だと思います。
あくまで推測の域をでませんが、SPの中身は同じはずです。しかし、ベンダー提供の場合は、そのSPを当てた場合に発生する不具合などの修正や、そのサーバー固有のSPに対応したドライバやアプリなどを含んでいる場合があるのではないでしょうか?
また既に適用されている更新プログラムはスキップされるかはわかりません(上書きされる可能性もありますね)。あまり深く考えたことがありませんでした。
以上、参考になれば幸いです。
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