superkomu さん、こんにちは。フォーラムオペレーターの鈴木裕子です(^O^)/
少し時間が経過したので、既に解決されているかもしれませんが・・・
ご希望のように「最終セット番号のカタログだけ削除する方法」ではないのですが、バックアップが失敗したメディアからデータを復元する方法としては、こちらの情報が参考にならないでしょうか。
ntbackup LTOにバックアップしたカタログ情報が取得できない
http://social.technet.microsoft.com/Forums/ja-JP/windowsserver2003ja/thread/666b8a3a-bee9-449b-8686-881f3bcf3e73
回答チェックのついている質問者のtyuntyun さんの投稿に、メディアカタログを改めて作成してみるという方法が記載されています。(ひとつ前の私の投稿も、もしかしたら参考になるかもしれないので、よろしければご一読ください)
※tyuntyun さんが投稿してくださった内容については、↓こちらの技術情報の「注」欄にも記載がありましたので、ご参考までに。
カタログを更新する http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc781577.aspx
ただ、superkomu さんバックアップに使用されているメディアや、復元しようとした際に出力されるエラーがわからなかったので、外しているかもしれません。その場合はごめんなさい。
ご参考となれば幸いです!
マイクロソフト株式会社 フォーラムオペレータ 鈴木裕子