おそらく、デザインマネージャーのスニペットでアプリパーツを追加することはできないのではないかと思います。
アプリパーツは、サイトに存在するリストやライブラリと紐づけられたパーツなので、様々なサイトで使用可能なマスターページの特性上、特定のサイトに依存するアプリパーツをスニペットにすることができないのだろうと思います。
マスターページをSharePoint Designerで編集する場合は、何でも自由にできるので、アプリパーツを追加するということもできるかと思います。
SharePoint Developer http://sharepoint.orivers.jp
