投稿頂いてから大分、時間が経過していますが、スレッドを参照された方への情報共有の意味を含めて回答します。
SCEPエージェントのプロセス名は、"MsMPEng.exe"(サービス名:"Microsoft Antimalware Service")です。
http://blogs.technet.com/b/mspfe/archive/2013/02/19/anti-tampering-for-the-antimalware-service-in-system-center-endpoint-protection-2012-sp1.aspx
"SMS Agent Host"サービスは、SCCMクライアントエージェントのサービス名(プロセスはCCMExec.exe)になります。
"Microsoft Antimalware Service"は、サービスも実行ファイルである"MsMPEng.exe"も停止出来ません。
SundaySilence Enterprise Client Management MVP (formerly System Center Configuration Manager)