私の場合ですが、残念ながらIIS6のFTP機能ですと各ユーザー毎のルートアクセス先が指定出来ない
（出来るらしいのですが、実装までにいたらなかった）ので、nekosogiFTPdと言うフリーのサーバーソフトを利用しています。
ファイル単位での容量制限をしたいとの事のようですが、文面から察するにスループット確保が最終目的なのでは？と思いました。
転送レートを下げる等で全体のネットワーク負荷を軽減すれば良いとの事であれば、
上記のFTPサーバーソフトで可能となるようです。（私は制限はいらないので、事実上無実装）
また、UP、DOWNのクレジット管理も出来るようなので、UPしたらDOWN出来る容量が増えるとか、
各ユーザー毎にクオーターを設定するような事も可能のようです。
（ディスククオーター機能はサーバーにありますが、ディレクトリ＜フォルダ＞クオーターってありましたっけ？）
FTP用でXPのOSにて使っていますが、２００３サーバーのIIS6のFTPサービスを停止するか、アンインストールする事で、
代替実装は可能である事は検証済みです。
ただ、残念ながらローカル又はADアカウントとは同期する機能はありませんので、
FTP用で別にアカウント管理する必要がありあます。
もっとも当然ユーザー毎にルートアクセス先は変える必要はあろうかと思いますので、
IIIS-FTPよりは断然扱いやすいとは思います。
実機での本稼動をいきなりするのはリスキーだと思いますので、一度お試し環境にて動作チェックをしていただき、
活用出来そうであれば使ってみては如何でしょうか？
追伸：ユーザー毎のルートアクセス先ってもっと簡単にIIS-FTPで指定出来ないの？？？MSさん・・・
linkdコマンドもまともに動いてはくれないし、動いてくれる条件すらわからない。
(´･ω･`)つ http://nekosogi.sytes.net/wiki/index.php?NekosogiFtpd
