こんにちは、フォーラムオペレーターの三沢健二です。
ISA Server のバックアップについては、下記 URL に記載されている構成情報の エクスポート/インポート で対応できるようです。
（ISA Server 2004 の情報になりますが、ISA Server 2006 でも同様の操作手順となるようです）
- 参考情報
ISA Server 2004 のエクスポート、インポート、およびバックアップ機能
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc302521.aspx
ISA Server 2004 年に、バックアップ機能とエクスポート機能の違いと ISA Server 2004 で、復元機能とインポート機能の相違
http://support.microsoft.com/kb/838375/ja
How to Back Up and Restore an ISA Server Enterprise Configuration (Enterprise Edition)
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/bb794757(en-us).aspx
（こちらは英語の情報になりますが参考になると思います）
サーバー全体のバックアップを行う場合には、NT Backup などで対応いただければと思います。
それでは、こちらの情報が少しでもお役にたてれば幸いです。
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マイクロソフト株式会社 フォーラム オペレーター 三沢健二
