こんにちは、フォーラムオペレーターの三沢健二です。
ご投稿された内容については、セキュリティパッチの内容や、環境・構成によって様々と思われますので、明確なアドバイスをいただくのは難しいかもしれません。
（今回の問題が、セキュリティパッチの適用を行った事が原因かどうかも分からないと思いますし、、、）
セキュリティパッチの適用に限らず、サーバーへのメンテ作業を行われる場合には、ユーザーがアクセスしない時間帯で行われる事をお勧めします。
下記のスレッドでも同じようなやり取りが行われていましたので、ご紹介させていただきますね。
- 関連スレッド
SPやセキュリティパッチを適用させた後再起動するまでの間のOSの動作
http://social.technet.microsoft.com/Forums/ja-JP/windowsserver2003ja/thread/e9dc56c9-6833-4566-a4a6-4d1dc2ddf2ca
それでは、こちらの情報が少しでもお役にたてれば幸いです。
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マイクロソフト株式会社 フォーラム オペレーター 三沢健二
