ちゃんと確かめたことはないですが、Windows Server 2003側は、どのドメインコントローラ上でも信頼関係の操作をしても問題はなかったはずです(どのドメインコントローラからでも操作できます)。したのページに、まさに同じネタが載ってますが、(2003側では)どのドメインコントローラを使え、という指示はとくにありません。
ちゃんと確かめたことはないですが、Windows Server 2003側は、どのドメインコントローラ上でも信頼関係の操作をしても問題はなかったはずです(どのドメインコントローラからでも操作できます)。したのページに、まさに同じネタが載ってますが、(2003側では)どのドメインコントローラを使え、という指示はとくにありません。