前提条件として、カスタムリストが複数あるため以下のような処理を施したJSリンクを使用しております。
http://www.myfatblog.co.uk/index.php/2013/09/listview-web-part-issues-with-jslink-and-display-templates-a-solution/
上記のJSリンクを使用した時、フィルター機能のチェックボックスを操作すると、ツールチップで表示される操作メニューが消えてしまいます。

JSリンクを使用していないカスタムリスト、複数のカスタムリストに適応するための処理を施さないJSリンクについてはツールチップ操作メニューが消えることがありませんでした。

上記の結果から複数JSリンクを使用するための処理が影響していると思われますが、
チェックボックス部分を操作してもツールチップ操作メニューを消えないようにすることは可能でしょうか?
何か対処法を知っている方がいましたら、ご教示お願いいたします。
※以前もJSリンクに複数カスタムリストに適応するための処理を施したときに通常とは違う動作になり、質問した経緯がございます。
その時は「質問した個所以外にも不具合がある」という回答をいただいており、具体的な解決策はわからないと回答をいただいております。
自分の感覚では、今回の現象の対処も難しい(できない)のではと思っております。
↓以下のURLは以前の質問です。
https://social.technet.microsoft.com/Forums/office/ja-JP/77359af9-4c7e-4035-b908-0e15a3914f6d/office365-sharepointjs?forum=Sharepoint2013