takuya1984さん。
はじめまして。
分かる範囲で回答させていただきます。
１）リモートデスクトップをご存じのようですので、簡単に。
基本的な動きはリモートデストップとおなじです。大きく違うところとしてはRemoteAppは
使用しているアプリケーションウィンド（アプリケーションの枠内）のみが表示されるところです。
よって、あたかもローカルのアプリケーションのように使用することができます。
２）可能です。セッションタイムアウトの調整を行い、自動的にログオフ、切断されないように設定します。
３）できます。実際によくやています。
要件からするとRemoteAppまでは必要でないかと。りモードデスクトップでもよいのではないでしょうか。
注意点としては、管理用のリモート接続でなく、役割の追加から「リモートデスクトップ仮想化ホスト」を有効にしてください。
また、「リモートデスクトップライセンス」の機能も必要になりますので、環境に合わせてセットアップしてください。（ご存じのことでしたらすいません）
