チャブーンです。
一応前提ですが、
NPSの仕様として、RADIUSのUser-Name属性の値から、ユーザーアカウントの有効性チェックを行っているようですが、
これはどこから得た情報なのでしょうか？RADIUSサーバでは、自分自身が持っているローカルユーザ情報を検索し、それがない場合リモートユーザとして別の対応を行う、というものはあるようですが、「ユーザ情報の事前チェック」を行う話しは聞いたことがありません。私が知らないだけかもしれませんが。
で、WindowsのRADIUSサーバは、参照するべきユーザ情報は「ドメインに参加している・参加していない」で区別され、複数個所のユーザ情報を同時に確認する方法といったものはありません。例外としてDefaultDomainレジストリ値で指定したドメインの情報を参照できますが、これは信頼関係にある別ドメインの情報をRADIUSで参照したい、といったケースで使われるのだと思います。
https://technet.microsoft.com/en-us/library/dd197452(v=ws.10).aspx
ちなみにWindows NPSの主要な仕様は、以下のページにまとまっていますので、ここにない情報については、原則実装されていないと考えてもよいと思います。
https://technet.microsoft.com/en-us/library/dd197596(v=ws.10).aspx
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