オブジェクトモデルによる実装では難しそうな気がします。
JSでメニューを非表示にするなど、逃げ道はあると思いますが大変そうな気がします。
フォルダをライブラリと考えて、複数のライブラリを作成して、Webパーツなどで見せ方を工夫した方がよいと思います。
TreeView形式で見せるようなWebパーツを作れば、ユーザーから見るとフォルダでもライブラリでも変わらないと思うので。。。
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