グループポリシーは[ローカル]－[サイト]－[ドメイン]－[OU]などの種類があり、この順番に適用されます。
同じポリシーを設定した場合には、基本的には最後に適用されたポリシーが有効になります。
ご質問の「Active Directoryのグループポリシーのローカルポリシー」というのは先の[ドメイン]に該当する部分のことをいわれている
のだと思いますので、ドメイン全体に適用されます(Default Domain policyを見られていると思います)。
また、「ドメインコントローラーのローカルポリシー」は先の[OU]に該当する部分で、実際にはドメインコントローラにだけ適用されます(Default Domain Controllers policyを見られていると思います)。
両者の違いは設定した監査ポリシーが、ドメイン全体のコンピュータに適用されるか、ドメインコントローラにだけ適用されるかの違いです。
特定のサーバーでのみ監査を行うのであれば、目的のサーバーを集めたOUを作成し、そのOUのポリシーで監査の設定を行う方法もありますし、個別のサーバー毎にgpedit.mscコマンドによりそのサーバーのローカルポリシーで設定することも可能です。
ただ、オブジェクトアクセスの監査は、ポリシーで監査の設定をしても監査対象のフォルダで監査の設定を行わないと監査ログは取られませんので、ドメイン全体に適用しておき、監査を行いたいフォルダにのみ監査設定を行うという方法もあるかもしれません。
