IISで作成したサイトのワーカープロセスの実行ユーザーとユーザープロファイルはどんな設定になっているでしょうか。すぐに用意できるIIS10の環境がないのですが、英語のドキュメントは見つけました。アプリケーションプールの右クリックメニューから詳細設定を開きプロセスモデルのところのIDとloadUserProfileの値です。
Application Pool Identities
おそらく以前はデフォルトのユーザーだったか、アプリケーションプールごとのユーザーだったがloadUserProfileがfalseだったのではないでしょうか。もしくは以前使っていたPCというのがWindows10でなければ、Windows10にしたことによって、IISを入れたときのワーカープロセスのユーザーの作成の挙動が変わったのかもしれません。
ワーカープロセスの実行ユーザーがアプリケーションプールごとのユーザー(ApplicationPoolIdentity)でloadUserProfileがtrueの状態であればUsers以下のフォルダは消すべきではないと思います。ユーザープロファイルはここに保存されているからです。ユーザープロファイルをfalseにするか、ユーザープロファイルが必要だけどUsers以下にフォルダを作られたくなければDefaultAppPool もしくは Classic .NET AppPoolを指定すればユーザーアカウントごと削除しても問題ないかと思います。