HKEY_LOCAL_MACHINE配下のRunonceが実行されるユーザーはローカルのAdministrators権限をもったユーザーでログインした場合に限りますがそこは大丈夫でしょうか?
今回の場合だと自分のプロファイルのフォルダの削除なのでHKEY_CURRENT_USER配下のRunonceで実行しても大丈夫な気がします。(HKEY_CURRENT_USER配下のRunonceだと一般ユーザーでも実行されるはずです。
ちなみにですが、Runonceに設定する値は以下にしてみてください。
cmd /c "rd /s /q "C:\Users\%USERNAME%\AppData\Roaming\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs\Windows PowerShell""