やまもとです。
最新バージョンの4.5での情報が無いので、旧バージョンである4.2でわかる範囲になりますが…
App-V上で動作させたいアプリケーションが何かによりけりですが、基本的にアプリケーションの開発元が
サポートするかどうか次第だと思います。
参考情報として
「SoftGrid アプリケーション仮想化 環境で実行されるサードパーティ製アプリケーションのサポート ポリシー」
http://support.microsoft.com/kb/940730/ja
「日本語オペレーティング システム環境における SoftGrid サポートに関する情報」
http://support.microsoft.com/kb/942210/ja
などがあります。
また、最新バージョンの4.5ですと、App-Vで動作するパッケージを作成する為の
App-V Sequencer自体がWindows 2000で対応していないのでなんとも言い難い感じです。
私感ですが、よっぽどのハードウェア依存とかのアプリケーションでもなければWindows 2000で
動いていたアプリケーションも動くような気がします。
#セミナー資料などで、Office 97とかの結構昔のアプリケーションでも動作実績もありますし。
#ただ、当然サポートは無いんですけど…
レガシーマイグレーションという観点ですと、App-Vと同じくMDOPに含まれる(予定)の
MED-Vの方を使う方がいいんじゃないかな?という気はします。