チャブーンです。
Windowsのスタートアップ修復ですが、ブートシーケンスに関連する部分の修正のみで、ユーザデータやアプリケーションの設定等が変更されることはなかったはずです。ですから、実施自体は問題がないと思います。
ただし、本件では「フリーズ」してしまっているとのことで、ブート設定の問題による「起動失敗」とは、トラブルの内容が少し違うように思います。
スタートアップ修復を行うより、「セーフモード」でOSを起動してみてはどうでしょうか?起動時に[F8]キーを長押しすることで、修復オプションメニューが表示されます。
もし起動した場合、イベントログをチェックすることで、問題点の絞り込みができる可能性があります。
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