torowamaster98 さん、こんにちは。
フォーラムオペレーターの三沢健二です。
少し状況を整理させていただきたいのですが、今回行いたい作業としては、既存の AD ドメインに対して Windows Server 2008 R2 のドメインコントローラー（DC）を新規に追加して、稼働中の Windows Server 2003 の DC を全て撤去したい、という事でしょうか？
もし、DC が一台のみの環境であれば、新しく追加する DC のコンピューター名を古い DC と同じにするために、想定されているように作業時のみもう一台の DC （ダミーサーバ） が必要になると思われます。
（DC 一台のみでの運用はあまり推奨されないのですが、、、）
少し状況が異なりますが、下記リンクの 「1 台のドメイン コントローラを含むドメインでドメイン コントローラの名前を変更する 」 が参考になると思います。
- 参考情報
[HOWTO] Windows 2003 のドメイン コントローラの名前を変更する方法
http://support.microsoft.com/kb/814589/ja
あとは Windows Server 2008 R2 の DC を追加するために adprep などが必要になりますので、下記の情報などを参考にしていただければと思います。
- 参考情報
AD DS インストールの各種シナリオ
http://technet.microsoft.com/ja-jp/library/cc771433(WS.10).aspx
既存のActive DirectoryにWindows Server 2008ドメインコントローラを追加する
http://norimaki2000.blog48.fc2.com/blog-entry-507.html
次に "OUの共有フォルダ" についてですが、下記リンク先の設定を行われているのでしょうか？
- 参考情報
Active Directory への公開
http://www.fmmc.or.jp/~fm/nwts/w2003s/ch5/5_1_2_3.html
状況などが不明でしたので具体的なアドバイスは難しいのですが、もし、アクセス権の情報を保持したまま共有フォルダを別の端末に移行されたいという事であれば、xcopy などを使用していただければと思います。
（アクセス権がドメインアカウントで管理されている事が前提です）
DC の入れ替えの件も含めて、現在の環境についてや想定されている内容で不明点がありましたので、もし追加のご質問がある場合には、その点をもう少し詳細にお伝えいただければと思います。
（こういった移行に関するご質問の場合には、確認・把握すべきポイントが多々ありますので、可能であれば
弊社有償サポート などへご相談された方が良いかもしれません）
それでは、こちらの情報が少しでもお役にたてれば幸いです。
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マイクロソフト株式会社 フォーラム オペレーター 三沢健二
