チャブーンです。
この件ですが、「条件付きフォワーダー先のDNSサーバー=ドメインコントローラーが『マルチホーム(1つのサーバーが2つのIPアドレスを持っている)』である」ということであれば注意が必要です。
マルチホームの場合、どちらのIPアドレスに対してもフォワーダー元から通信が可能、であれば動作としては気にする必要はありませんが、通信できないIPアドレスがある場合、問題が起きます(ラウンドロビンで交互に名前解決を行おうとするため)。
マルチホームであれば、フォワーダー元からping等で通信できないIPアドレスに名前解決しないようにAレコードを削除する必要がありますが、単純に削除したのでは、すぐに復活してしまいますので、そうならないよう、したの過去ログにあるような設定を行う必要があります。
https://social.technet.microsoft.com/Forums/windows/ja-JP/446e08d7-7312-4f6e-961f-6b7e2aadbda1/dns?forum=winserver8
双方向の信頼が必要な場合、相手先も同じように条件付きフォワーダーを設定する必要がありますから、自分自身の(ドメインコントローラー)マルチホームについても、同じ対応が必要です。
念のためコメントしますが、ドメインコントローラーと無関係のAレコード(他のサーバー)については、名前解決の影響はありませんので、そのままで問題はありません。
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