解決済みかもしれませんが。
WindowsUPDATEはこの手の症状が結構おきます。
その場合,いったん,ダウンロードのみ,に変更して,更新リストを取得し,一種類の更新プログラムのみ選択,実行してみると入ることがあります。
たとえば,.NETFramework複数バージョンの更新プログラムを一度に選択して入れようとすると,よく失敗します。
もし一種類でも入らなかったら,一番古そうなひとつだけを選択,入れて見てください。
あまりないとは思いますが,セキュリティソフトが挙動をブロックしていることもあります。
試しにセキュリティソフトを無効にしてみるというのも有効かもしれません。