SharePointのデータストアであるSQLの仕様で、データベースは基本的に「膨らむ」一方です。
開き領域を反映してデータベースファイルそのものを縮小するにはデータベースファイルに対して「シュリンク」処理を実行する必要があります。
SQLについて基本的な学習をされることをお勧めします。
こちらのページにある「基礎スキル系」がピンポイントの内容ですのでお勧めです。
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