私の環境の例でいえば、Exchange2003から2010に移行した時もメールボックスサイズは変更しませんでした。
200MBで運用しています。業務上、どうしてもそれ以上欲しいという人には個別に対応していますが、基本的には200MBです。ディスクも安いですし、1GBでも運用可能ですが、人間心理から言って、容量があったら、あっただけ消費します。そしてそれに慣れると1GBでも足りなくなります。溜められるまでは、溜めてしまう、というのが人間なんですよね（私もですが・・・）
ですが、画像データを多く使うような、例えば設計メインの会社でしたら状況は違うと思います。
なので、「一概には言えない」というのが正直な回答でしょうか。
個人的には扱うデータサイズが年々増加していますので、もう少し割り当てても言いような気もしますが。
ちなみにOffice365ではExchange2010を使っていますが、メールボックス容量は25GBです（笑）
一例ですが、参考になれば幸いです。
