多分 答えはそこに書いてある ということになろうかと思いますが、
確証は無いので参考程度に。
解決策は
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パスが "c:\windows\sysvol\domain" から "c:\windows\sysvol\domain"
へ変更されたことが 検出されました。このルート パスが故意に変更され
た場合は NTFRS_CMD_FILE_MOVE_ROOT の 名前のファイルを新しいルート
パスの下に作成する必要があります。
これは次のレプリカ セットに対して検出されました:
"DOMAIN SYSTEM VOLUME (SYSVOL SHARE)"
レプリカのルート パスの変更は 2 段階の処理で、
NTFRS_CMD_FILE_MOVE_ROOT ファイルを まず作成します。
～～～
となっているので、 とりあえず そのパスの下に "NTFRS_CMD_FILE_MOVE_ROOT" という名前のファイルを作れば良いと思います。
メモ帳などで中身なしで 名前付けて保存で 作ってしまえば良いと思います。
あとは ドメインコントローラの レプリケーションのタイミングを待てば
1回目に 「何やら変更されているらしいこと」 が認識され、
2回目に 「最新のレプリカが貰える」ようになり、正常状態になると思われます。
1)レプリカのルート は変更されていないのですが、なぜこのようなエラー
が出るのか？
オブジェクトとしての情報が変わったから でしょう。
Windowsは見た目は同じでも内部で持っている GUIDやらSIDやら目に見えない
情報がいろいろ変っていて上手く行かないことはしばしばあります。
2)レプリカのルートを再構築した場合、もう一台のドメインコントローラ
に影響はないか？
おかしいドメインコントローラから配布 ではなく、正常な物から貰えない物を
貰えるようにする、という状態なので問題ないと思います。
3)仮想環境へ移行する際の注意点などございましたらお願いします。
※一旦、メンバサーバへの降格、WG環境へ戻した方が良い。という話も聞きます。
特に ファイルサーバになっている等、どうしてもそのままをイメージ化して持って
いかないといけないという事情が無ければ、ドメインコントローラのサーバは新規に
インストールし直した方が良いと思われます。
今回のケースでは、2号機を仮想環境へ イメージリストアするのではなくて、
新規仮想マシンを作成して いわゆる 3号機 を構成した方が良かったのではないでしょうかね？
