フィルタリングについては機能していることがわかりました。
機能していないように思えたのは、コンシューマーに設定したスクリプトが正常終了していなかったためでした。
コンシューマーのCommandLineTemplate=に '%Targetinstance.~%' を含ませたコマンドを指定していますが、
スペースが含まれる場合別々の引数として扱われてしまいます。
シングルクォーテーションでくくっていてもダメなようです。Windows7ではシングルクォーテーションでくくられた変数の値は1つの値として引き渡されていましたが、WindowsServer2012ではシングルクォーテーションでくくられていても別々の引数として扱われてしまうようです。